كشفت ادارة مستشفى 48 عن الميزانية التشغيلية للمستشفى التي تلقتها من وزارتي الدفاع والمالية من عام 2009م الى 2013م.

وشملت الميزانية التشغليلة كلا من (مستشفى القوات الخاصة - المستشفيات الميدانية -مركز علاج الأورام - مركز بنك الدم - مركز العلاج الطبيعي - مركز الفحص الوراثي - المختبر الجنائي).والتي بلغت   مبلغ وقدره(1,460,017,960)فقط واحد مليار وأربعمائة وستون مليون وسبعة عشر ألف وتسعمائة وستون ريال ,

وبحسب ما نشر عن إدارة المستشفى  أنه تم احتجاز مبلغ وقدرة(250,000,000) مائتين وخمسون مليون ريال و لم تصرف إلا في الربع الأخير للعام 2012م حسب قول إدارة المستشفى .

الموازنة المعتمدة للمستشفى(شاملاً مركز بنك الدم – مركز العلاج الطبيعي – مركز الفحص الوراثي – المختبر الجنائي ) للعام 2013م مبلغ وقدره(1,330,337,960) فقط واحد مليار وثلاثمائة وثلاثون مليون وثلاثمائة وسبعة وثلاثون ألف وتسعمائة وستون ريال, حيث تم خصم مبلغ (129,680,000) مائه وتسعة وعشرون مليون وستمائة وثمانون ألف ريال لمستشفى العمليات الخاصة

الجدير بالذكر أن هناك أحاديث كثيرة تدور بين المواطنين أنهم لا يتمكنون من دخول المستشفى منذ سنوات لتلقي العلاج وانه محصور فقط للمسؤلين وأسرهم بينما المواطن العادي لا يتمكن من دخوله .